Đến thời nhà Trần, tướng quân Nguyễn Huy Tĩnh đóng quân tại chùa để chặn quân Nguyên từ hướng sông Bạch Đằng đánh vào Thăng Long. Đến triều nhà Lê, ngôi chùa được xây dựng lại với quy mô lớn.dành riêng cho em